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‣ Análise estatística na interpretação de imagens: microarranjos de DNA e ressonância magnética funcional; Statistical analysis of image interpretation: DNA microarrays and functional magnetic resonance

Vencio, Ricardo Zorzetto Nicoliello
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 01/09/2006 Português
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1021.7907%
O objetivo deste trabalho é apresentar os métodos originais em Bioinformática desenvolvidos para a análise estatística na interpretação dos dados de duas técnicas baseadas em imagens: a técnica de microarranjos de DNA e a técnica de ressonância magnética funcional. O interesse principal é abordar essas técnicas experimentais quando enfrenta-se uma situação clara de amostras escassas, isto é, quando existem relativamente poucas observações experimentais do fenômeno estudado, sendo a análise individual/personalizada o representante extremo desta situação, que tem que ser resolvida. Para tanto, opta-se pelo uso da Inferência Bayesiana no contexto da Teoria da Decisão sob Incerteza, implementada computacionalmente sob o arcabouço dos Sistemas de Suporte à Decisão. Ambas as tecnologias estudadas produzem dados complexos, baseados na interpretação das diferenças entre imagens obtidas da resposta do sistema a um estímulo e da resposta numa situação controle. O resultado deste trabalho é o desenvolvimento de dois sistemas de suporte à decisão, chamados HTself e Dotslashen, para a análise de dados de microarranjos e ressonância magnética funcional, respectivamente; e de seus métodos matemáticos/computacionais subjacentes. Os sistemas desenvolvidos extraem conhecimento racional de bancos-de-dados normativos...

‣ Análise da expressão gênica em resposta ao choque térmico e cádmio no fungo aquático Blastocladiella emersonii; Analysis of gene expression in response to cadmium and heat shock in the aquatic fungus Blastocladiella emersonii

Georg, Raphaela de Castro
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 01/12/2006 Português
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906.7097%
Neste trabalho realizamos um programa de seqüenciamento em larga escala de cDNAs obtidos de bibliotecas construídas a partir de mRNA de células de B. emersonii submetidas ao choque térmico e ao estresse por cádmio. Obtivemos 6350 seqüências expressas (ESTs) de alta qualidade, que representam 2326 seqüências únicas putativas (unigenes) do fungo. Destes unigenes putativos, 1282 genes foram classificados em pelo menos uma das categorias do Consórcio Gene Ontology (GO). A análise do transcriptoma parcial de B. emersonii determinado até o momento permitiu a identificação de 78 unigenes codificando chaperones moleculares de todas as famílias conhecidas. Para avaliarmos a expressão global dos genes em resposta a estresses ambientais, como o choque térmico e o cádmio, realizamos ensaios de microarranjos de DNA nestas condições de estresse. Observamos que em resposta ao choque térmico, B. emersonii induz a expressão de genes que codificam proteínas relacionadas com o enovelamento de proteínas e com a proteólise, o que seria esperado em condições de temperaturas elevadas, assim como genes que codificam proteínas com propriedades antioxidantes, além de proteínas envolvidas no metabolismo de nucleotídeos e no metabolismo de carboidratos. Em resposta ao estresse por cádmio...

‣ Análise estrutural e funcional do genoma de Xanthomonas axonopodis pv. citri; Structural and functional analyses of Xanthomonas axonopodis pv. citri genome

Moreira, Leandro Marcio
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Formato: application/pdf
Publicado em 11/10/2006 Português
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906.47555%
O cancro cítrico é uma doença que afeta diversas espécies de Citrus, cujo agente causal é Xanthomonas axonopodis pv citri (XAC). O genoma desta fitobactéria consiste de um cromossomo de ~5 Mpb e dois plasmídeos, que juntos codificam 4313 CDS (seqüências codificadoras), das quais 2710 apresentam similaridade com proteínas conhecidas. Neste trabalho realizamos uma análise comparativa detalhada do genoma de XAC com genomas de três fitopatógenos, Xanthomonas campestris campestris, Xylella fastidiosa 9a5c e Xylella fastidiosa temecula. Com esta análise identificamos genes espécie e gênero-específicos, potencialmente relevantes para adaptação aos seus respectivos nichos ou hospedeiros, além de ilhas de inserção e deleção genômica putativas. Também identificamos vias metabólicas relacionadas com osmoproteção/osmorregulação e com degradação de compostos aromáticos em XAC, que possivelmente são determinantes na eficácia de sua interação com o hospedeiro. Analisamos o nível de expressão de 9 CDS após crescimento de XAC em diferentes concentrações de glicose e verificamos que este açúcar modula positivamente a expressão de CDS relacionadas à síntese de goma e ao sistema de osmoproteção. Além disso...

‣ Análise da expressão de RNAs não-codificadores intrônicos em tumores de mama; Gene expression analysis of intronic non-coding RNAs in breast tumors

Egídio, Camila de Moura
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 05/08/2008 Português
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916.9015%
O câncer de mama é o carcinoma que mais acomete mulheres no Brasil. Os tratamentos disponíveis são recomendados a partir da análise de fatores de prognóstico como a classificação pelo sistema TNM, tipo histológico, status de receptores hormonais e marcadores de proliferação tumoral. No entanto, a classificação dos tumores de mama é muito variável e o poder prognóstico dos marcadores tumorais atuais ainda é limitado, levando muitas pacientes à terapia adjuvante desnecessária. Portanto, novos métodos de prognóstico mais sensíveis são necessários para melhorar a tomada de decisão na clínica oncológica de pacientes com câncer de mama. Do ponto de vista de ciência básica, as modificações transcricionais associadas à oncogênese e progressão do câncer de mama ainda são pouco conhecidas. Além da alteração na expressão de genes codificadores para proteínas, evidências recentes sugerem que RNAs não-codificadores (ncRNAs) podem ter um papel importante na transformação maligna. Este projeto teve como principais objetivos: i) investigar a expressão de ncRNAs intrônicos em amostras de adenocarcinoma de mama e ii) identificar assinaturas de expressão gênica associadas a características anatomo-patológicas e clínicas de tumores de mama com potencial aplicação clínica. Para isso...

‣ Microarranjos de DNA para análise da expressão gênica em cepas de Trypanosoma cruzi suscetíveis e resistentes a benznidazol.; DNA microarray for gene expression analysis of Trypanosoma cruzi strains sensitive and resistant to benznidazole.

Vigo, Margoth Mitchela Moreno
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 27/11/2008 Português
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915.81336%
Benznidazol (BZ) é uma das duas drogas usadas no tratamento da doença de Chagas. Falhas terapêuticas são observadas em muitos pacientes, que foram atribuídas, principalmente, às diferenças na suscetibilidade de cepas do Trypanosoma cruzi a essa droga. Alguns genes foram implicados na resistência induzida a BZ, mas não na resistência natural. O objetivo geral deste estudo foi investigar diferenças de expressão gênica em cepas de T. cruzi naturalmente resistentes e suscetíveis a BZ, utilizando microarranjos de DNA. Quantificamos a sensibilidade à droga em cepas de laboratório e isolados obtidos de pacientes crônicos submetidos a quimioterapia com BZ. Concluímos que os valores de CI50 não são preditivos cura. Os experimentos de microarranjos e ensaios de RT-PCR mostram que a abundância de transcritos do gene TcABCG1, foi maior em cepas naturalmente resistentes a BZ. Não observamos variação na abundância de transcritos de alguns genes implicados no fenótipo de resistência induzida. Nossos dados sugerem o envolvimento do transportador TcABCG1 na resistência a BZ.; Benznidazole (BZ) is one of the two drugs used to treat Chagas disease. Therapeutic failures were reported in many chronic patients, which were mostly attributed to different susceptibilities of Trypanosoma cruzi strains to BZ. A few genes have been implicated in the induced resistance to BZ...

‣ Avaliação da expressão de genes processadores de danos oxidativos em pacientes com Alzheimer; Oxidative damage-related genes expression profile evaluation in patients with Alzheimers disease

Oliveira, Douglas Vinicius Nogueira Perez de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 24/09/2007 Português
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821.10766%
Uma parcela significativa das lesões na molécula do DNA é causada por espécies reativas de oxigênio e a sua produção excessiva e/ou o funcionamento deficiente dos sistemas celulares antioxidantes, que neutralizam a sua ação, é conhecido como estresse oxidativo. Os danos em células normais são prontamente detectados por um sistema de defesa e, em conseqüência, uma rede intrínseca de sinalizações é ativada, sendo que uma das vias resulta na ativação dos mecanismos de reparo do DNA. O reparo por excisão de bases (BER) parece ser a via preferencial de reparo de bases oxidadas, mas existem outras vias de reparo implicadas na reversão do dano oxidativo. A doença de Alzheimer (DA), uma patologia causada particularmente por danos oxidativos, acomete atualmente cerca de 25 milhões de pessoas no mundo, sendo o risco aumentado a partir dos 65 anos de idade. Com isso, a necessidade da identificação de fatores de risco, além de fatores protetores relacionados à DA, tornou-se de grande importância. Por outro lado, há também a necessidade de estudos em nível molecular, que possam fornecer informações sobre os mecanismos que levam ao desenvolvimento da doença. Nesse sentido, foi realizado no presente trabalho, um estudo de expressão gênica transcricional pelo método de microarranjos de DNA...

‣ Perfil de expressão de genes modulados pela amilina em ilhotas pancreáticas de rato; Gene expression profile of genes modulated by amylin in rat pancreatic islets

Oliveira, Leonardo Sokolnik de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 04/03/2009 Português
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1010.8966%
O Diabetes Mellitus tipo 2 (DM 2) é uma doença crônica na qual os pacientes apresentam capacidade secretória de insulina inadequada para suplantar a resistência insulínica concomitante e, como resultado, advém a hiperglicemia. Os mecanismos que explicam a diminuição da secreção insulínica não são completamente conhecidos e acredita-se que o depósito de amilina, um achado histopatológico freqüente nesses pacientes, esteja envolvido. A amilina humana é uma proteína co-secretada com a insulina capaz de se agregar e se depositar nas ilhotas pancreáticas. Ainda não está totalmente estabelecido se a toxicidade da amilina humana é mediada pelas fibrilas maduras, conforme demonstrado em trabalhos mais antigos, ou por oligômeros de tamanho intermediário, como tem sido aventado nos trabalhos mais recentes. O objetivo deste estudo foi avaliar o perfil de genes modulados por oligômeros, bem como por fibrilas maduras de amilina, em ilhotas pancreáticas de rato. As ilhotas foram isoladas a partir de ratos Wistar, mantidas em cultura por 24 horas e a seguir tratadas com 10 M de oligômeros ou de fibrilas maduras de amilina por 24 horas adicionais em concentração fisiológica ou suprafisiológica de glicose. O RNA total foi extraído e utilizado para análise da expressão gênica por microarranjos de DNA. O conteúdo de RNA de alguns genes modulados nas condições experimentais estudadas também foi avaliado por RT-qPCR...

‣ Expressão gênica diferencial durante a esporulação de Blastocladiella emersonii e estudo da sinalização por GMP cíclico; Differential gene expression during Blastocladiella emersonii sporulation and analysis of the cyclic GMP signaling pathway

Vieira, André Luiz Gomes
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 24/04/2009 Português
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810.85125%
Neste trabalho realizamos a análise das variações na expressão gênica global durante a fase de esporulação do fungo aquático Blastocladiella emersonii utilizando a tecnologia dos microarranjos de cDNA em lâminas contendo 3.773 genes distintos. Ao todo 615 genes foram classificados como induzidos enquanto 645 foram classificados como reprimidos ao longo da esporulação. As categorias funcionais mais representadas entre os genes induzidos foram: microtúbulo e citoesqueleto, transmissão de sinal, atividade de ligação ao íon Ca2+, proteólise (apenas no início da esporulação) e biogênese e organização do cromossomo (apenas no final da esporulação). Dentre os genes reprimidos, as categorias funcionais mais representadas foram: biossíntese de proteína, transporte de carboidratos e metabolismo energético. A comparação dos dados de expressão gênica da esporulação com aqueles obtidos recentemente em nosso laboratório para a germinação mostrou um grande número de genes regulados inversamente ao longo das duas fases de diferenciação do ciclo de vida de B. emersonii. Muitos genes induzidos na esporulação são reprimidos na germinação e vice versa. Analisamos também o efeito de glicose e triptofano sobre a expressão gênica durante a formação dos zoósporos...

‣ Identificação de perfis de expressão de RNAs codificadores e não codificadores de proteína como preditores de recorrência de câncer de próstata; Identification of protein-coding and non-coding RNA expression profiles as prognostic marker of prostate cancer biochemical recurrence

Moreira, Yuri José de Camargo Barros
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 27/08/2010 Português
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901.5564%
O câncer de próstata é o quinto tipo mais comum de câncer no mundo e o mais comum em homens. Fatores clínicos e anatomopatológicos atualmente usados na clínica não são capazes de distinguir entre a doença indolente e a agressiva. Existe uma grande necessidade de novos marcadores de prognóstico, a fim de melhorar o gerenciamento clínico de pacientes de câncer de próstata. Além das anormalidades em genes codificadores de proteínas, alterações em RNAs não codificadores (ncRNAs) contribuem para a patogênese do câncer e, portanto, representam outra fonte potencial de biomarcadores de câncer de próstata. Entretanto, até o momento, poucos estudos de perfis de expressão de ncRNAs foram publicados. Este projeto teve como principal objetivo identificar perfis de expressão de genes codificadores e não codificadores de proteína correlacionados com recorrência de tumor de próstata, a fim de gerar um perfil prognóstico com potencial uso como biomarcadores e elucidar o possível papel de ncRNAs no desenvolvimento do câncer. Para isso, foram analisados os perfis de expressão de genes codificadores e não codificadores de proteína de um conjunto de 42 amostras de tecido tumoral de câncer de próstata de pacientes de amostras de pacientes submetidos à prostatectomia radical...

‣ Transcriptoma e proteoma em sangue periférico na busca de novos marcadores de doenças cardiovasculares; Transcriptomic and proteomic of peripheral blood as approaches to biomarkers cardiovascular discovers

Silbiger, Vivian Nogueira
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 13/05/2010 Português
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807.9954%
INTRODUÇÃO: A principal manifestação clínica da doença aterosclerótica é o infarto agudo do miocárdio, caracterizada como emergência médica, que necessita de diagnóstico correto, rápido, preciso e terapia eficaz. Os estudos de transcriptoma e proteoma possibilitam obter informações que nos permite compreender de forma mais abrangente a evolução fisiopatológica das doenças, sendo as cardiovasculares particularmente favorecidas por terem etiologia multifatorial e sem dúvida multigênica, portanto a utilização destas ferramentas num modelo de doença aguda pode auxiliar, de forma singular, na obtenção de novas informações, tais como novos marcadores precoces de injúria. OBJETIVO: Identificar novos biomarcadores de doenças cardiovasculares através da análise do perfil de expressão de RNAm de células do sangue periférico e proteínas plasmáticas de pacientes com SCA. CASUÍSTICA E MÉTODOS: É um estudo caso-controle de pacientes com SCA recrutados no Pronto-Socorro do Instituto Dante Pazzanese de Cardiologia. Foram recrutados 84 indivíduos com Síndrome Coronariana Aguda (SCA), 47 indivíduos sem doença cardiovascular (grupo controle), de ambos os sexos com idade entre 30 a 65 anos, atendidos no Instituto Dante Pazzanese do Estado de São Paulo - Brasil. A avaliação de expressão gênica global de 10 pacientes e 6 controles (pareados) durante as primeiras 48 h após o IAM foi realizada através dos microarranjos de DNA (sistema Affymetrix) e a análise de plasma por separação em sistema de microarranjos (ProteinChip®)...

‣ Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos; Planning, management and analysis of DNA microarray data aiming at discovery of biomarkers for diagnosis and prognosis of human cancers.

Simões, Ana Carolina Quirino
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 12/05/2009 Português
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1129.7402%
Nesta tese, apresentamos nossas estratégias para desenvolver um ambiente matemático e computacional para análises em larga-escala de dados de expressão gênica obtidos pela tecnologia de microarranjos de DNA. As análises realizadas visaram principalmente à identificação de marcadores moleculares de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos. Apresentamos o resultado de diversas análises implementadas através do ambiente desenvolvido, as quais conduziram a implementação de uma ferramenta computacional para a anotação automática de plataformas de microarranjos de DNA e de outra ferramenta destinada ao rastreamento da análise de dados realizada em ambiente R. Programação eXtrema (eXtreme Programming, XP) foi utilizada como técnica de planejamento e gerenciamento dos projetos de análise dados de expressão gênica. Todos os conjuntos de dados foram obtidos por nossos colaboradores, utilizando-se duas diferentes plataformas de microarranjos de DNA: a primeira enriquecida em regiões não-codificantes do genoma humano, em particular regiões intrônicas, e a segunda representando regiões exônicas de genes humanos. A primeira plataforma foi utilizada para avaliação do perfil de expressão gênica em tumores de próstata e rim humanos...

‣ Caracterização molecular da Linhagem Pedra 2 de Saccharomyces cerevisiae sob condições de alto etanol em fermentadores industriais; Molecular characterization of Saccharomyces cerevisiae Pedra-2 strain under high ethanol conditions in industrial fermentators

Lopes, Lucas Souza
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 28/11/2014 Português
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888.4122%
A linhagem Pedra 2 (PE-2) de Saccharomyces cerevisiae destaca-se por ser o organismo mais comumente utilizado no processo industrial de produção de biocombustíveis. Com a descoberta das linhagens selvagens, alcançou-se uma maior tolerância ao etanol permitindo o desenvolvimento de uma nova tecnologia: a fermentação com alto teor alcoólico. Desta forma, foi possível aumentar tanto a concentração de açúcares totais do mosto quanto o volume final de etanol purificado. No entanto, esse novo processo de fermentação tem causado um agravamento nos diversos estresses aplicados à levedura. No presente trabalho, é apresentado o perfil transcricional da linhagem PE-2 sob condições de alto etanol em fermentadores industriais através da tecnologia de microarranjo de DNA. Com a utilização desta, analisou-se o perfil global da expressão da levedura, identificando grupos de genes de interesse e vias metabólicas correguladas no processo de adaptação e sobrevivência às diferentes condições de estresses impostas a levedura pela fermentação industrial. Mais especificamente, 5860 genes foram estudados nesse trabalho e tiveram as suas variações de expressão quantificadas ao longo dos tempos 0, 6, 12 e 18 horas do ciclo fermentativo industrial. Em particular...

‣ Identificação e análise da expressão de genes relacioanados com tolerância à seca em soja através de microarranjos de DNA e PCR em tempo real

Stolf, Renata
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Tese de Doutorado Formato: xii, 125 f. : il.
Português
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804.5937%
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Pós-graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAV; A seca é, atualmente, o principal fator responsável por perdas na produção brasileira de soja. Em situações de déficit hídrico, vários mecanismos são acionados pela planta para aumentar a tolerância à seca. Conhecer esses mecanismos e como é regulada a expressão dos genes relacionados com resposta à seca, é essencial na identificação de rotas metabólicas envolvidas nos processos de defesa, e, conseqüentemente, no desenvolvimento de estratégias moleculares para obtenção de plantas mais tolerantes a essa condição. O estudo da expressão gênica em plantas requer a quantificação precisa de RNAm expressos em diferentes situações. Assim, inicialmente foram usados os eventos de soja geneticamente modificados para tolerância à seca, P58 e P1333, contendo a construção rd29a: Atdreb1a, em condições de 15% de umidade gravimétrica (UG) para hibridização em chips contendo 44 Kb de oligonucleotídeos, sendo possível identificar 100 genes diferencialmente expressos em cada evento, quando comparados com a planta controle. Posteriormente, foram utilizadas cultivares de soja contrastantes para a tolerância à seca...

‣ Perfil transcricional de Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587 in vitro e em simbiose com soja (Glycine max L. Merrill) através de microarranjo de DNA

Souza, Jackson Antônio Marcondes de
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Tese de Doutorado Formato: xvii, 139 f. : il.
Português
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792.1839%
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV; O nitrogênio é o nutriente requerido em maior quantidade para a cultura da soja. Avanços nas pesquisas de melhoramento genético vegetal e microbiologia do solo permitiram expandir o uso de inoculantes comerciais contendo estirpes de Bradyrhizobium japonicum e Bradyrhizobium elkanii. Estas bactérias infectam as raízes da planta e induzem a formação de nódulos, que abrigam a forma bacterióide, diferenciada da bactéria, responsável pela fixação simbiótica do nitrogênio. Informações sobre processos bioquímicos envolvidos no metabolismo da relação simbiótica podem ser adquiridas através de análises globais de expressão gênica. Para esta finalidade, destaca-se a tecnologia de microarranjo de DNA para detecção de genes diferencialmente expressos em larga escala. O objetivo geral deste trabalho foi identificar genes diferencialmente expressos, por meio de microarranjos de DNA, em Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587 cultivada em diferentes meios de cultura, RDM (Rhizobia Defined Medium), TY (Triptone-Yeast Medium) e YMB (Yeast-Mannitol Medium), e em bacterióides isolados de nódulos de soja em diferentes períodos de desenvolvimento...

‣ Busca por genes diferencialmente expressos em resposta a indução de hipertrofia ventricular em rato (Rattus norvegicus) atraves da tecnica de microarranjos de DNA

Ana Carolina Deckmann
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 16/03/2004 Português
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823.1849%
Myocardial hypertrophy is one of the major responses to hemodynamic overload imposed by arterial hypertension. This elicits several histological and physiological alterations that affect the performance of the cardiac muscle as a whole. However, little is known about the molecular basis of the process, mainly because its multifactorial and polygenic trait. In this study, the DNA microarrays technique was adopted to identify genes directly involved in the establishment of myocardial hypertrophy. The experiments were based on the production of microarrays from 2304 clones of unknown identity derived from a non-normalized rat heart library. The microarrays were hybridized against cDNA targets synthesized after samples collect at short intervals (1, 3, 6, 12 and 48 hours) following hypertrophy induction by aorta constriction in rats (Rattus norvegicus). The results had confirmed the great potential of microarray technique for identification of differentially expressed genes in response to arterial hypertension, identifying the genes a-MHC, b-MHC and cardiac a-actin, previously described as involved in the process. More interesting, the gene of synaptopodin-2, protein associated with actin cytoskeleton and involved in stress fiber formation in response to mechanical stimuli in podocytes...

‣ Analise da expressão genica em diferentes especies de eucalipto utilizando a tecnologia de microarranjos de cDNA; Microarray cDNA gene expression analyses of different eucalyptus species

Jorge Lepikson Neto
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 17/11/2008 Português
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820.50016%
Com o intuito de obter informações relevantes para o melhoramento genético do eucalipto para a produção de biomassa, o presente trabalho buscou comparar a expressão dos genes relacionados com a formação e desenvolvimento da madeira em quatro diferentes espécies de eucalipto, tendo como objetivo identificar os padrões que as tornam mais aptas, bem como quais genes relacionados com determinadas características. Essa análise abre a possibilidade da identificação de genes chave que possam ser manipulados, através do melhoramento clássico ou da transgênia, para aumentar o conteúdo relativo de celulose das plantas, incrementando a sua eficiência para processos econômicos. 384 ESTs do banco de dados do Consórcio Genolyptus foram selecionadas para serem analisadas através da tecnologia de microarranjos de cDNA. Foram selecionadas ESTs de genes com funções conhecidas relacionadas com a formação da madeira, bem como de genes relacionados com o desenvolvimento do vegetal e de genes com função ainda desconhecida. Os dados obtidos foram cruzados com a biblioteca de ESTs do Consorcio Genolyptus (Northern Eletrônico), e foram feitos PCR em tempo real para os principais genes diferenciais nos microarranjos e para os genes da via de lignina e flavonóides. Os resultados mostraram que diferentes genes estão expressos nas espécies estudadas sendo um grande número deles ainda com função desconhecida no metabolismo do eucalipto. A maioria dos genes relacionados com a formação da parede celular não apresentou perfil de expressão diferencial nos microarranjos...

‣ Genotipagem de grupos sanguíneos no suporte transfusional para pacientes com anemia falciforme; Blood group genotyping in transfusion support for sickle cell disease patients

Daiane Cobianchi da Costa
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 25/04/2011 Português
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792.1977%
A genotipagem de grupos sanguíneos em larga escala pela técnica de "microarray" tem se mostrado importante para doadores e pacientes, pois permite a determinação simultânea de múltiplos alelos que codificam antígenos de grupos sanguíneos e pode contribuir para a seleção mais exata de unidades de sangue compatíveis para pacientes politransfundidos. Neste trabalho, avaliamos a utilização da genotipagem em larga escala em 283 amostras de DNA de pacientes falciformes e, em 504 amostras de DNA de doadores de sangue pela plataforma HEA BeadChipTM na seleção de doadores fenótipo compatíveis em 4 níveis de compatibilidade de antígenos de grupos sanguíneos. Com o auxílio de um software e considerando que todos os doadores eram do grupo sanguíneo O, fomos capazes de encontrar um número significativo de doadores de sangue antígeno-negativo para pacientes aloimunizados e não aloimunizados quando buscamos por compatibilidade Nível 1 (ABO, D e um aloanticorpo) e Nível 2 (ABO, D, C, c, E, e, K1). Em Nível 1 encontramos uma média de 482 doadores compatíveis e em Nível 2 uma média de 237 doadores compatíveis. Entretanto, a média de doadores compatíveis Nível 3 (ABO, D, C, c, E, e, K1, Fya, Fyb, Jka, Jkb, S, s, Dia) foi de 75 e...

‣ Biotecnologia de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) para tolerância a estresse hídrico; Biotechnology of sugarcane (Saccharum spp.) for drought stress tolerance

César Bueno de Souza
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 23/02/2012 Português
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795.1453%
O Brasil é o maior produtor mundial de cana-de-açúcar e no cenário atual, em que o aumento na busca por energia renovável é visível, o aumento na produtividade da cana é de extremo interesse para o setor sucroalcooleiro. Estresses abióticos influenciam grandemente a produtividade de espécies como a cana e, sendo assim, estudos relacionados com a tentativa de diminuir esse impacto na produtividade são de grande importância. A seca é o estresse ambiental que mais causa prejuízos ao agronegócio e por esse motivo é muito desejável que se desenvolvam novas variedades de cana-de-açúcar que sejam mais tolerantes a esses estresses e com isso o setor sucroalcooleiro será largamente beneficiado. A transgenia é uma das ferramentas utilizadas na produção de novos cultivares comerciais com características agronômicas interessantes e, para o seu sucesso, a identificação de genes com potencial para melhorar essas características faz-se necessária. Sendo assim, o maior objetivo desse trabalho foi a avaliação do potencial biotecnológico de seis genes de cana-de-açúcar que são modulados por seca. Os genes aqui estudados tiveram seu perfil de resposta a seca anteriormente avaliado por microarranjos de DNA e foram selecionados como candidatos para a produção de um novo cultivar de cana-de-açúcar que seja mais tolerante a estresses abióticos. Esses genes foram analisados em plantas transgênicas de tabaco...

‣ Avaliação global de transcritos associados ao envelhecimento da epiderme humana utilizando microarranjos de DNA = : Global evaluation of transcripts associated to human epidermal aging with DNA microarrays; Global evaluation of transcripts associated to human epidermal aging with DNA microarrays

Márcio Lorencini
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 31/01/2014 Português
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1119.2995%
Com o aumento do tempo de vida da população humana muitas modalidades médicas, incluindo a dermatologia, deparam-se com uma revolução na forma de garantir saúde e qualidade de vida aos pacientes. Em contato com o ambiente externo, a pele representa um órgão no qual as mudanças com o envelhecimento causam danos funcionais, além de potencial impacto estético e psicossocial. A epiderme, camada mais externa da pele, constitui uma barreira seletiva com destacada capacidade de renovação e manutenção da homeostasia corporal. Entretanto, o entendimento de diversos mecanismos associados à fisiologia e envelhecimento da epiderme permanece como desafio para a comunidade científica. Com base nesse cenário, o objetivo do presente trabalho foi compreender o atual estado da arte no tema de envelhecimento da epiderme e realizar experimentos voltados para lacunas existentes, com foco na integração de aspectos clínicos, fisiológicos, morfológicos, celulares e moleculares. O capítulo de abertura descreve uma avaliação global de transcritos associados ao envelhecimento da epiderme humana, com a técnica de microarranjos de DNA e coleta não invasiva com fitas adesivas. O estudo indica características moleculares específicas do fotoenvelhecimento epidermal...

‣ Identificação de genes de susceptibilidade herdada para o carcinoma de células escamosas de base de língua por genotipagem em larga escala; Identification of inherited susceptibility genes for squamous cell carcinoma of base of tongue by large scale genotyping

Gustavo Jacob Lourenço
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 20/12/2011 Português
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Alterações genéticas herdadas, como os polimorfismos gênicos de base única (SNPs) e as variações no número de cópias do DNA (CNVs), foram associadas com o risco de carcinoma de células escamosas (CEC) de base de língua (BL) em poucos estudos. O CEC de BL é um tumor que determina altas taxas de morbidade e mortalidade, no entanto, sua associação com polimorfismos genéticos não está estabelecida. Frente ao exposto, o objetivo deste estudo foi o de avaliar os papéis de SNPs e CNVs no CEC de BL. O DNA genômico foi obtido de amostras de sangue periférico de 49 pacientes com CEC de BL e de 49 controles. Cada amostra foi analisada por meio de lâminas com microarranjos de DNA contendo 500.568 SNPs e 420.000 CNVs (Affymetrix®). A digestão enzimática do DNA, a ligação de adaptadores, a amplificação, a fragmentação, a marcação, a hibridização, as lavagens e a leitura das intensidades dos sinais das sondas foram realizadas de acordo com instruções do fabricante. Os dados obtidos foram analisados utilizando o programa Bioconductor e o algoritmo crlmm. Para os SNPs, as diferenças entre os grupos foram analisadas por meio da regressão logística múltipla. Para as CNVs, os dados obtidos foram analisados por meio do programa Partek®. Regiões de ganhos ou perdas significativas de DNA foram determinadas pelo algoritmo cbs. Os genes de interesse foram escolhidos por meio do programa DAVID. Nós observamos que a frequência de 6.609 SNPs foi distinta entre pacientes com CEC de BL e controles (P< 0...