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‣ Clonagem e caracterização genética de locos homólogos a genes de resistência em Brassica oleracea L. e Zea mays L.; Cloning and genetic characterization of resistance gene homologs of Brassica oleracea L. and Zea mays L.

Malvas, Célia Correia
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 21/03/2003 Português
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282.53031%
O presente trabalho teve por objetivo identificar fragmentos homólogos a genes de resistência em Brassica oleracea e Zea mays, por meio da amplificação por PCR, utilizando oligonucleotídeos homólogos a regiões conservadas de genes de resistência de plantas. Em B. oleracea, os oligonucleotídeos foram desenhados com base na seqüência de um gene homólogo ao RPS2 de Arabidopsis thaliana descrito em B. oleracea. Um fragmento de 2,5 Kb foi amplificado em duas linhagens. Os fragmentos amplificados apresentaram polimorfismo de comprimento entre as linhagens, gerando um marcador molecular. Este marcador foi utilizado em uma população F2 segregante para resistência a Xanthomonas campestris pv. campestris oriunda do cruzamento entre as linhagens BI-16 e Lc201. O marcador, no entanto, não apresentou-se ligado a nenhum gene de resistência a este patógeno. Análise da expressão por meio de RT-PCR detectou a expressão do fragmento homólogo nas linhagens resistente e suscetível de B. oleracea com e sem inoculação, indicando que o gene é expresso constitutivamente. Em Z. mays, oligonucleotídeos sintetizados com base em seqüências de milho homólogas a genes de resistência, denominadas Pics, e a ESTs de milho, também homólogos a genes de resistência...

‣ "Análise do perfil de expressão gênica do linfoma de células do manto em fase leucêmica com microarrays de oligonucleotídeos" ; "Gene expression profiling of mantle cell lymhoma in leukemic phase with oligonucleotide microarrays"

Rizzatti, Edgar Gil
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 31/01/2005 Português
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261.89773%
O linfoma de células do manto é associado à translocação t(11;14)(q13;q32) e à hiperexpressão da ciclina D1. Os pacientes com linfoma de células do manto apresentam-se com doença avançada ao diagnóstico e a fase leucêmica da doença é observada em cerca de um terço dos casos. Os linfócitos B virgens pré-centro germinativo, que ocupam a zona do manto dos folículos linfóides secundários, constituem a origem celular do linfoma de células do manto. A hiperexpressão da ciclina D1, por si só, não é suficiente para a patogênese da neoplasia, e a elucidação das alterações moleculares adicionais poderá fundamentar novas estratégias terapêuticas. Nesse contexto, os métodos de estudo do perfil de expressão gênica em larga escala têm potencial para auxiliar na descoberta dessas alterações moleculares adicionais. Todavia, nos estudos que empregaram esses métodos até o momento, o material genético foi obtido de amostras de gânglios acometidos pelo tumor, que contêm uma proporção variável de células normais do estroma do tecido linfóide. Por isso, ainda não se sabe quais dos genes identificados como alterados no linfoma de células do manto são específicos das células linfomatosas, e quais são dependentes das células normais que perfazem o estroma do gânglio. Com o objetivo de elucidar as alterações moleculares do linfoma de células do manto em nível celular...

‣ Identificação de fatores diabetogênicos associados ao adenocarcinoma de pâncreas; Identification of diabetogenic factors associated to pancreatic adenocarcinoma

Souza, Jean Jorge Silva de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 05/09/2006 Português
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261.89773%
Diabetes melito ou intolerância à glicose estão presentes em até 80% dos pacientes com adenocarcinoma de pâncreas. Portadores desta neoplasia têm resistência à insulina e alteração na secreção de insulina em resposta à glicose, o que pode levar ao aparecimento ou piora de diabetes. Para identificar genes diferencialmente expressos, que podem representar fatores diabetogênicos produzidos pelo adenocarcinoma de pâncreas, utilizou-se a comparação de microarranjos de oligonucleotídeos hibridizados com RNA complementar (cRNA) de tumores pancreáticos de pacientes com e sem diabetes melito no pré-operatório. Uma lâmina foi hibridizada com cRNA de dois pacientes portadores de diabetes melito, e outra com cRNA de dois pacientes com tolerância normal à glicose pelo teste oral. Considerando a expressão ajustada para os controles internos dos microarranjos, 293 genes estavam duas ou mais vezes mais expressos na lâmina dos portadores de diabetes melito; destes, 25 genes estavam pelo menos cinco vezes mais expressos. Duzentos e noventa e sete genes estavam pelo menos duas vezes mais expressos na lâmina dos pacientes com tolerância normal à glicose, dos quais 54 genes estavam cinco ou mais vezes mais expressos nestes indivíduos. Dos genes mais expressos nos tumores dos indivíduos portadores de diabetes melito...

‣ Adutos de DNA gerados por produtos da lipoperoxidação: caracterização, detecção, incorporação em oligonucleotídeos e implicações biológicas; DNA adducts from lipoperoxidation products: characterization, detection, incorporation into oligonucleotides and biological implications

Carvalho, Valdemir Melechco
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 05/04/2001 Português
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379.86805%
Compostos carcinogênicos estruturalmente diversos ligam-se covalentemente ao DNA formando adutos que, se não reparados, provocam mutações. Inicialmente relacionados apenas a compostos exógenos, atualmente há várias evidências de que compostos gerados endogenamente poderiam modificar o DNA gerando adutos. Dentre os compostos endógenos, os produtos carbonílicos α,β-insaturados destacam-se pois reagem como agentes alquilantes bifuncionais com as bases do DNA, formando adutos exocíclicos. O 2,4-decadienal (DDE) é um aldeído α,β-insaturado que além de estar presente em alimentos e poluentes, é um dos mais importantes produtos da lipoperoxidação. Embora há várias indicações sobre a ação genótoxica do DDE, nenhum aduto deste composto com nucleobases havia sido caracterizado. O presente trabalho mostrou que o DDE é um agente alquilante versátil sendo capaz de gerar cinco adutos diferentes. Este estudo também mostrou que o DDE é capaz de gerar os mesmos adutos que outros dois importantes produtos da lipoperoxidação: o 4-0H-nonenal e o 2-octena1. Todos os adutos foram detectados em DNA tratado in vitro com o DDE. Para possibilitar a detecção dos adutos em sistemas mais complexos, foi desenvolvido um método extremamente sensível baseado em HPLC interfaceado com espectrometria de massa em tandem com ionização por electrospray. Foi também desenvolvida uma estratégia de incorporação de um dos adutos (III) em oligonucleotídeos por via química. A estratégia foi utilizada com sucesso na incorporação do aduto em oligonucleotídeos de sequências diversas. Os oligonucleotídeos foram utilizados em ensaios de reparo por excisão de base e replicação in vitro.; Structurally diverse carcinogenic compounds bind covalently to DNA producing adducts that can...

‣ Reversão do fenótipo de resistência a múltiplas drogas em células de sarcoma uterino humano. Utilização de emulsão lipídica como veículo de oligonucleotídeos antissenso; Reversion of the multiple drug resistance phenotype in a human sarcoma cell line. Lipid emulsion as antisense oligonucleotide vector

Levy, Débora
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 16/08/2007 Português
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370.74027%
O objetivo deste trabalho foi estudar a utilização de uma nanoemulsão lipídica (LDE) como vetor de oligonucleotídeos antissenso (OAS). A LDE é uma nanoemulsão constituída por 48% de éster de colesterol, 47,8% de fosfolipídeos, 2,3% de triglicérides e 1,9% de colesterol não-esterificado. É capaz de adquirir apoE de HDL e, desta forma, a emulsão pode interagir com o receptor B/E. O comportamento metabólico da LDE se assemelha ao da LDL. OAS agem como inibidores da função de genes, ligando-se à fita oposta (complementar) do RNA mensageiro (mRNA) ou à dupla fita do DNA. Previnem que o mRNA codifique uma proteína funcional. Os mecanismos celulares de resistência a drogas representam diversas formas de proteção da célula e do organismo e estão presentes na maioria das células normais, exercendo funções fisiológicas. Infelizmente, muitos tumores utilizam esses mecanismos para sua própria proteção. A proteína codificada pelo gene MDR1 (ABCB1), a P-gp, é uma glicoproteína de membrana com peso molecular de 170Kda, que funciona como uma bomba orgânica catiônica. Neste trabalho foi observado que o OAS se ligam à LDE, sendo a constante de ligação de 4,2 X 10-3M-1. O complexo OAS/LDE foi capaz de se ligar especificamente ao receptor de LDL e através desta via ser internalizado...

‣ Arranjos supramoleculares de oligodeoxinucleotídeos e fragmentos de bicamada catiônica: preparação, caracterização e atividade imunoadjuvante; Supramolecular assemblies of oligodeoxynucleotides and cationic bilayer fragments: preparation, characterization and immunoadjuvant activity

Rozenfeld, Julio Henrique Kravcuks
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 11/04/2011 Português
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270.74027%
A interação entre fragmentos de bicamada (BF) de brometo de dioctadecildimetilamônio (DODAB) e um mononucleotídeo-modelo (deoxiadenosina monofosfato, dAMP) ou um oligodeoxinucleotídeo-modelo (5'- AAAAAAAAAA-3', poli(dA)) ou um oligodeoxinucleotídeo terapêutico (5'- TTGACGTTCG -3', CpG) foi investigada por turbidimetria, espalhamento de luz dinâmico, espectroscopia de dicroísmo circular e de fluorescência e calorimetria diferencial de varredura (DSC). Respostas imunológicas foram caracterizadas com ensaio de hipersensibilidade tardia por inchamento de coxim patelar de camundongo, dosagem de anticorpos IgG1 e IgG2a e de citocinas secretadas por células de linfonodo em cultura. Poli(dA), em contraste com dAMP, induziu fusão máxima de DODAB BF a partir da neutralização de cargas, quando houve obtenção de um tamanho máximo e um potencial-zeta igual a zero para os arranjos. Para [poli(dA)] maiores do que aquela correspondente à neutralização de cargas, houve recuperação da estabilidade coloidal com reversão do potencial-zeta e com obtenção de tamanhos que foram aproximadamente o dobro daqueles determinados inicialmente para DODAB BF. A proporção molar de neutralização poli(dA): DODAB foi 1:10 para DODAB BF e 1:20 para vesículas grandes (LV) de DODAB...

‣ Funcionalidade e caracterização das propriedades físico-químicas, biológicas e estruturais da uricase modificada por PEGlação.; Functionality and characterization of physiscal-chemical, biological and structural properties of uricase modified by PEGlation.

Freitas, Debora da Silva
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 28/02/2011 Português
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261.89773%
A PEGlação é uma bem sucedida estratégia nano-biotecnológica que envolve a ligação covalente do polietilenoglicol (PEG) a uma droga para melhorar sua farmacocinética, farmacodinâmica e perfil imunológico, e portanto, aumentar seu efeito terapêutico. Atualmente, a PEGlação é usada para modificar proteínas, peptídeos, oligonucleotídeos e fragmentos de anticorpos. A Uricase (EC 1.7.3.3, UC) é uma enzima pertencente à classe das oxidorredutases, responsável pela oxidação do ácido úrico, produzindo alantoína. Essa enzima é encontrada em muitos organismos vivos como: bactérias, leveduras, fungos, vegetais e animais. Entretanto, durante a evolução das espécies o gene da UC tornou-se inativo, por isso, em humanos a UC é inativa. Nesse sentido, a UC adquiriu destaque como um potencial fármaco uricolítico, devido à necessidade do desenvolvimento de novos agentes terapêuticos no tratamento de hiperuricemia e gota. Neste estudo, a uricase recombinante purificada de Candida sp (UC-r) e a de rim bovino (UC-b) foram modificadas por PEGlação com mPEG-p-nitrofenil carbonato (mPEG-pNP) e 2-O-mPEG-4,6-dicloro-s-triazina (mPEG-CN), produzindo conjugados com considerável atividade enzimática residual UC-r-mPEG-pNP (87%)...

‣ Nanoemulsões catiônicas como sistemas de liberação de oligonucleotídeos : formulação e caracterização físico-química

Martini, Érico
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
Português
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376.18184%
Nanoemulsões catiônicas têm sido recentemente consideradas como potenciais sistemas de liberação de oligonucleotídeos. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a influência da adição de quantidades crescentes dos lipídeos catiônicos estearilamina (EA), oleilamina (OA) ou DOTAP (DT) sobre propriedades físico-químicas de nanoemulsões como sistemas de liberação de um oligonucleotídeo modelo (pdT16). As formulações foram preparadas pelo procedimento de emulsificação espontânea. As nanoemulsões constituídas de triglicerídeos de cadeia média, lecitina de gema de ovo, glicerol, quantidades crescentes dos lipídeos catiônicos (até 20 mM) e água foram caracterizadas em termos de diâmetro médio, pH, potencial zeta e viscosidade. Baseado nos resultados obtidos, as formulações contendo EA, OA e DT na concentração de 2 mM foram selecionadas para a continuidade do trabalho, uma vez que apresentam diâmetro de gotícula e potencial zeta de cerca de 250 nm e 40-50 mV, respectivamente. A taxa de associação do pdT16 às nanoemulsões foi determinada, indiretamente, pelo doseamento deste, na fase aquosa externa após separação em membranas de ultrafiltração/centrifugação, por meio de espectrofotometria no UV. A maior taxa de associação do pdT16 foi detectada para a formulação contendo o lipídeo catiônico DT (até ~70 mg/g de fase interna). Evidências adicionais da associação do pdT16 com as nanoemulsões foram detectadas pelo aumento do diâmetro de gotícula...

‣ Seleção de oligonucleotídeos iniciadores visando compor um arranjo de sondas de DNA que identifique estirpes de pectobactérias; Selection of primers for builfing an array of DNA probres for identification of pectobacteria strains

Palma, Janine
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
Português
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282.53031%
A diferenciação entre espécies e subespécies de pectobactérias e outras bactérias fitopatogênicas é feita, basicamente, por testes bioquímicos e fisiológicos. Através de arranjos, macro e micro, de sondas de DNA, uma matriz, semelhante á gerada pelos resultados dos testes bioquímicos e fisiológicos, poderia ser construída e utilizada na identificação das estirpes. Para isto, há a necessidade da seleção de sondas de características a nível de gênero, espécie e subespécie. Como as sondas são obtidas por PCR, o objetivo desta pesquisa foi selecionar oligonucleotídeos iniciadores baseados em características fenotípicas e genotípicas. A maioria dos oligonucleotídeos iniciadores selecionados gerou produto, diferindo o padrão de amplificação entre os oligonucleotídeos iniciadores e entre as espécies ou subespécies de pectobactérias. Alguns não produziram fragmentos e outros geraram muitos produtos inespecíficos. Os oligonucleotídeos iniciadores 149LF/L1r amplificaram o DNA de todas as Pectobacterium spp., enquanto Y1/Y2 amplificaram o DNA apenas da espécie P. carotovorum. ADE1/ADE2 gerou produto apenas com a espécie P. chrysanthemi. Y45/Y46 e ECA1F/ECA1R são específicos para a subespécie P. carotovorum subsp. atrosepticum. Outros oligonucleotídeos iniciadores amplificam o DNA de alguns indivíduos dentro da espécie ou subespécie...

‣ Adsorção de oligonucleotídeos com atividade antimalárica em nanoemulsões : validação de método analítico e caracterização físico-química

Bruxel, Fernanda
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
Português
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370.74027%
Nanoemulsões catiônicas têm sido consideradas como potenciais sistemas carreadores para oligonucleotídeos (ON) antisenso. O objetivo do presente trabalho foi desenvolver nanoemulsões catiônicas como um sistema de liberação para ON anti-topoisomerase II de Plasmodium falciparum. Primeiramente, nanoemulsões constituídas de triglicerídeos de cadeia média, lecitina de gema de ovo, glicerol e água contendo os lipídeos catiônicos oleilamina ou DOTAP (2 mM) foram obtidas através do procedimento de emulsificação espontânea. Este procedimento resultou em formulações monodispersas com diâmetro de gotícula de 200-260 nm e potencial zeta de +50 e +55 mV. Após, um método espectrofotométrico no UV para quantificação dos ON em série fosfodiéster (PO) ou fosforotioato (PS) foi validado. O método mostrou-se linear, específico, preciso e exato para a determinação de PO e PS, sem diferenças significativas entre os ON. Nas condições validadas, as isotermas de adsorção dos ON às nanoemulsões foram obtidas através da determinação dos ON na fase aquosa externa das nanoemulsões, após ultrafiltração/centrifugação dos complexos. A taxa de recuperação através das membranas de ultrafiltração de celulose regenerada (30 kDa) foi superior a 92%. Os resultados indicam a adsorção progressiva dos ON com as nanoemulsões...

‣ Detecção de Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis em plantas de batata através de PCR com oligonucleotídeos iniciadores a partir das seqüências dos genes pnl e rdg; Detection of Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis in potato plants through pcr with primers based on pnl and rdg gene sequences

Ribas, Aícha Daniela
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
Português
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261.89773%
A canela-preta, causada por Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis (Pcbr), está entre as principais doenças bacterianas da batata. Estudos epidemiológicos desta doença dependem de métodos eficientes de detecção. Como a principal característica das pectobactérias é a produção de enzimas pectolíticas em grande quantidade, os genes pnl e rdg, relacionados à pectina liase foram selecionados para a projeção de oligonucleotídeos iniciadores (primers) específicos para Pcbr. Os alinhamentos das seqüências de nucleotídeos dos genes pnl e rdg mostraram a existência de seqüências conservadas entre as estirpes de Pcbr, a partir das quais foram projetados os primers PcbrPnlF/ PcbrPnlR e PcbrRdgF/PcbrRdgR, que geraram produtos de 130 e 180 pb, respectivamente. Para a avaliação dos primers e métodos de extração de DNA Total, 10 hastes de plantas de batata com sintomas de canela-preta, foram coletadas de cada uma de quatro lavouras (Ágata: 3, Asterix: 1) no município de São Francisco de Paula, RS. Pcbr foi detectada através de PCR com PcbrRdgF/PcbrRdgR e DNA extraído por fervura e FTACard em 25 e 55% das amostras, e com PcbrPnlF/ PcbrPnlR em 12 e 45%, respectivamente. Estes resultados indicaram que os primers PcbrRdgF/PcbrRdgR foram mais eficientes...

‣ Preparação e caracterização de nanoemulsões contendo oligonucleotídeos antisense através da técnica de emulsificação espontânea; Preparation and characterization of nanoemulsions containing antisense oligonucleotides by spontaneous emulsifications procedure

Teixeira, Helder Ferreira; Silveira, Airton Monza da; Dubernet, Catherine; Martini, Érico
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: application/pdf
Português
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261.89773%
Recentemente, nanoemulsões preparadas pela técnica de microfluidização foram propostas como um sistema de liberação de oligonucleotídeos antisense (ON) por Teixeira et al. [J. contr. rel., 70:243-255, 2001]. O objetivo do presente trabalho foi preparar e caracterizar nanoemulsões através de uma técnica alternativa, a emulsificação espontânea, visando à preparação de pequenos lotes de produto final. As formulações foram caracterizadas em termos de diâmetro de partícula, potencial zeta e estabilidade física em função da presença (NESA) ou da ausência (NE0) do lipídeo catiônico estearilamina (SA). O diâmetro de partícula foi principalmente influenciado pelo procedimento de emulsificação espontânea; o diâmetro médio foi de 170 nm para ambas formulações. Contrariamente ao verificado na NE0, não foram observadas modificações significativas do diâmetro médio de partícula de NESA mesmo quando esta foi armazenada durante 60 dias à temperatura de 45 C. Em uma segunda etapa, a associação de um ON modelo (pdT16) com as nanoemulsões foi realizado através de dois procedimentos distintos: O pdT16 (10 M) foi adicionado por simples mistura às nanoemulsões previamente preparadas ou durante a etapa de emulsificação...

‣ Análise computacional da interação entre novas bases de tröger fluorescentes e o oligonucleotídeo(B-DNA) via docking e dinâmica molecular.

Oliveira, Tiago Espinosa de
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
Português
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261.89773%
Nesse trabalho, o docking e a dinâmica molecular foram utilizados como métodos de investigação das formas de interação entre um oligonucleotídeo de B-DNA e duas novas Bases de Tröger fluorescentes, com o propósito de verificar sua potencialidade como sondas biológicas. Para o docking molecular foi utilizado o protocolo descrito por Ricci et. al. (2009), que demonstrou ser um método promissor para reconhecer os modos de ligação e descrever a interação entre as Bases de Tröger e os oligonucleotídeos. Os complexos obtidos a partir dos docking foram utilizados como ponto de partida para as simulações de dinâmica molecular usando o programa GROMACS e o campo de força AMBER03, como descrito por Ricci et. al. (2010). A análise dos resultados das simulações mostraram a possibilidade, de que as Bases de Tröger podem interagir de maneiras diferentes com o oligonucleotídeo com preferência pela interação com sulco menor desse receptor. Durante todas as simulações os ligantes mantiveram-se com uma forte interação com o oligonucleotídeo, sem causar a desnaturação do mesmo. Globalmente, os resultados sugerem que as Bases de Tröger podem interagir com o sulco menor do oligonucleotídeo mas também são capazes de interagir como intercaladores. Devido as fortes interações...

‣ Oligonucleotídeos, uso, método e kit para detecção de contaminação de amostras por microorganismos.

Silva, Gildo Almeida da; Bernardi, Taís Letícia; Silva, Patrícia Valente da
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Patente Formato: application/pdf
Português
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261.89773%
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria; Universidade Federal do Rio Grande do Sul

‣ Detecção do vírus da cinomose canina por RT-PCR utilizando-se oligonucleotídeos para os genes da fosfoproteína, hemaglutinina e neuraminidase; Detection of canine distemper virus by RT-PCR using oligonucleotides targeted to the phosphoprotein, hemagglutinin and neuraminidase genes

Pozza, Michel; Simonetti, Amauri Braga; Roehe, Paulo Michel; Esteves, Paulo Augusto; Rijsewijk, Franciscus Antonius Maria
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: application/pdf
Português
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382.5303%
Empregou-se a técnica de reação em cadeia pela polimerase precedida de transcrição reversa para detecção do vírus da cinomose canina (CC). Para a padronização da técnica foram selecionados quatro pares de oligonucleotídeos (P1, P2, N1, H1), baseados em seqüências dos genes da fosfoproteína, neuraminidase e hemaglutinina, sendo utilizadas três cepas vacinais de vírus da CC como controles positivos. Foram analisadas três amostras isoladas de cães com cinomose e quatro amostras provenientes de cães com suspeita clínica de cinomose. Não houve amplificação nas amostras com suspeita clínica da doença. Os resultados obtidos com os oligonucleotídeos P1 e N1 foram superiores aos de H1. Os oligonucleotídeos P2 foram considerados inapropriados para a detecção do vírus da CC. Os amplicons obtidos com os oligonucleotídeos P1, N1 e H1 foram clivados com endonucleases de restrição, sendo os perfis das amostras virais comparados aos da amostra vacinal Lederle, utilizada como referência. Um padrão similar de restrição foi observado em todas as amostras analisadas.; The reverse transcription-polymerase chain reaction was used to detect canine distemper virus (CDV). Four oligonucleotide pairs were selected (P1, P2...

‣ Utilização de marcador molecular SCAR na identificação de Fusarium subglutinans, agente causal da malformação da mangueira

Zaccaro, Ronaldo Posella; Carareto-Alves, Lucia Maria; Travensolo, Regiane Fátima; Wickert, Ester; Lemos, Eliana Gertrudes Macedo
Fonte: Sociedade Brasileira de Fruticultura Publicador: Sociedade Brasileira de Fruticultura
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 563-570
Português
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279.86805%
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); O gênero Fusarium é responsável por doenças em diversas plantas economicamente importantes. Entre estas doenças, destaca-se a malformação da mangueira, causada pelo fungo Fusarium subglutinans. O objetivo deste trabalho foi desenvolver oligonucleotídeos iniciadores para reação em cadeia da polimerase (PCR), específicos para o fungo F. subglutinans da mangueira. A amplificação de DNA de oito Fusarium spp. de diferentes hospedeiros, usando o oligonucleotídeo randômico UBC-41 (TTAACCGGGG), produziu um fragmento de aproximadamente 1.300 pb somente para o fungo da mangueira. Tendo em vista que padrões de bandeamento por RAPD não são considerados confiáveis devido à baixa reprodutibilidade dos resultados, o fragmento diferencial foi eluído do gel de agarose, purificado, clonado e seqüenciado. As seqüências nucleotídicas foram utilizadas para identificar e sintetizar quatro pares de oligonucleotídeos específicos, denominados Fs 5, Fs 13, Fs 14 e Fs 15. DNAs de Fusarium spp. de outros hospedeiros (alho, amendoim, cana-de-açúcar, ciclâmen, ervilha, melão e trigo), da planta de mangueira cv. Tommy Atkins sadia e de outros cinco isolados de F. subglutinans de mangueira sintomática...

‣ Mass spectrometry of cationic compounds and their non covalent adducts with oligonucleotides; Espectrometria de massa de compostos catiónicos e dos seus aductos não covalentes com oligonucleotídeos

Izquierdo-Cabezudo, Raúl-Alfonso
Fonte: Universidade de Aveiro Publicador: Universidade de Aveiro
Tipo: Tese de Doutorado
Português
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276.18184%
O objectivo do presente trabalho é a aplicação da espectrometria de massa e espectrometria de massa tandem, ambas com ionização por electrospray (ESIMS e ESI-MS/MS respectivamente) nos modos positivo e negativo ao estudo de compostos catiónicos e das suas interacções com oligonucleotídeos. Usando ESI-MS e ESI-MS/MS no modo positivo, estudaram-se clorinas e isobacterioclorinas catiónicas com anéis de pirrolidina fundidos ao macrociclo. Estes compostos sofrem reacções de cicloreversão em fase gasosa que ocorrem por eliminação de espécies neutras ou carregadas. No caso de algumas espécies catiónicas, observaram-se processos de redução envolvendo um electrão e perdas de radicais metilo, que ocorrem, provavelmente, através da formação de um radical pirrolidínio hipervalente. Foram também estudadas porfirinas catiónicas isómericas (como bases livres ou metaladas) substituídas nas posições β-pirrólicas por grupos vinilmetilpiridil, utilizando ESI-MS e ESI-MS/MS no modo de ionização positivo. Uma das bases livres apresentou, em fase gasosa, um comportamento singular, que pode estar relacionado com a sua diferente distribuição de densidade electrónica. ESI-MS e ESI-MS/MS foram igualmente usadas para estudar um conjunto de complexos de ruténio(II) com um ligando comum...

‣ Utilização de marcador molecular SCAR na identificação de Fusarium subglutinans, agente causal da malformação da mangueira

Zaccaro,Ronaldo Posella; Carareto-Alves,Lucia Maria; Travensolo,Regiane Fátima; Wickert,Ester; Lemos,Eliana Gertrudes Macedo
Fonte: Sociedade Brasileira de Fruticultura Publicador: Sociedade Brasileira de Fruticultura
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/01/2007 Português
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279.86805%
O gênero Fusarium é responsável por doenças em diversas plantas economicamente importantes. Entre estas doenças, destaca-se a malformação da mangueira, causada pelo fungo Fusarium subglutinans. O objetivo deste trabalho foi desenvolver oligonucleotídeos iniciadores para reação em cadeia da polimerase (PCR), específicos para o fungo F. subglutinans da mangueira. A amplificação de DNA de oito Fusarium spp. de diferentes hospedeiros, usando o oligonucleotídeo randômico UBC-41 (TTAACCGGGG), produziu um fragmento de aproximadamente 1.300 pb somente para o fungo da mangueira. Tendo em vista que padrões de bandeamento por RAPD não são considerados confiáveis devido à baixa reprodutibilidade dos resultados, o fragmento diferencial foi eluído do gel de agarose, purificado, clonado e seqüenciado. As seqüências nucleotídicas foram utilizadas para identificar e sintetizar quatro pares de oligonucleotídeos específicos, denominados Fs 5, Fs 13, Fs 14 e Fs 15. DNAs de Fusarium spp. de outros hospedeiros (alho, amendoim, cana-de-açúcar, ciclâmen, ervilha, melão e trigo), da planta de mangueira cv. Tommy Atkins sadia e de outros cinco isolados de F. subglutinans de mangueira sintomática, foram submetidos à amplificação com os pares de oligonucleotídeos. Fragmentos amplificados foram visualizados somente para F. subglutinans de mangueira...

‣ Detecção do vírus da cinomose canina por RT-PCR utilizando-se oligonucleotídeos para os genes da fosfoproteína, hemaglutinina e neuraminidase

Pozza,M.; Simonetti,A.B.; Esteves,P.A.; Rijsewijk,F.A.M.; Roehe,P.M.
Fonte: Universidade Federal de Minas Gerais, Escola de Veterinária Publicador: Universidade Federal de Minas Gerais, Escola de Veterinária
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/10/2007 Português
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Empregou-se a técnica de reação em cadeia pela polimerase precedida de transcrição reversa para detecção do vírus da cinomose canina (CC). Para a padronização da técnica foram selecionados quatro pares de oligonucleotídeos (P1, P2, N1, H1), baseados em seqüências dos genes da fosfoproteína, neuraminidase e hemaglutinina, sendo utilizadas três cepas vacinais de vírus da CC como controles positivos. Foram analisadas três amostras isoladas de cães com cinomose e quatro amostras provenientes de cães com suspeita clínica de cinomose. Não houve amplificação nas amostras com suspeita clínica da doença. Os resultados obtidos com os oligonucleotídeos P1 e N1 foram superiores aos de H1. Os oligonucleotídeos P2 foram considerados inapropriados para a detecção do vírus da CC. Os amplicons obtidos com os oligonucleotídeos P1, N1 e H1 foram clivados com endonucleases de restrição, sendo os perfis das amostras virais comparados aos da amostra vacinal Lederle, utilizada como referência. Um padrão similar de restrição foi observado em todas as amostras analisadas.

‣ Desenvolvimento de novas abordagens moleculares baseadas em PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) para detecção gênero-específica de plasmodium

Maria Lapa Montenegro, Lílian; Charifker Schindler, Haiana (Orientador)
Fonte: Universidade Federal de Pernambuco Publicador: Universidade Federal de Pernambuco
Tipo: Outros
Português
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Oligonucleotídeos foram construídos com base na sequência primária do gene codificando o rRNA de Plasmodium para amplificar DNA de P. falciparum, P. vivax, P. malariae e P. ovale, de maneira gênero-específica. Três sistemas de PCR foram utilizados: PCR simples, hemi-nested PCR convencional e hemi-nested PCR em um único tubo, desenvolvidos em nosso laboratório. Na PCR simples, composta de 30 ciclos, foram utilizados os oligonucleotídeos GJ1 e HR842 (20 pmol/50μl), já testados por nosso grupo. Na hemi-nested PCR convencional utilizou-se três oligonucleotídeos (GJ1, PGFO3 e HR842), em duas reações sequenciais, sendo o PGFO3 construído durante o desenvolvimento do presente trabalho, visando a detecção do gênero Plasmodium. O par GJ1 e HR842 foram utilizados como oligonucleotídeos externos na primeira reação, e o PGFO3 como interno, ancorado ao HR842 na segunda reação. A hemi-nested PCR em um único tubo consistiu em 60 ciclos (92ºC, 30s; 58ºC, 30s e 72ºC, 45s), e concentrações limitantes de oligonucleotídeos externos (4 pmols/50μl) participavam da PCR sem competição com os oligonucleotídeos internos durante os primeiros 15 ciclos da reação e 40 pmol/50μl de primers internos (imobilizados na face interna da tampa do microtubo) foram introduzidos na PCR no 16º ciclo. As concentrações dos outros componentes da reação foram as mesmas utilizadas nas reações convencionais de PCR. Observou-se que a quantidade mínima de DNA genômico detectada pela PCR simples...